此時的西藏，政局動蕩。1701年（藏歷金蛇年），固始汗的曾孫拉藏汗繼承汗位，與第巴(即藏王)桑結(jié)嘉措的矛盾日益尖銳。1705年（藏歷木雞年），桑結(jié)嘉措買通汗府內(nèi)侍，向拉藏汗飲食中下毒，被拉藏汗發(fā)覺，雙方爆發(fā)了戰(zhàn)爭，藏軍戰(zhàn)敗，桑結(jié)嘉措被處死。事變發(fā)生后，拉藏汗向康熙帝報告桑結(jié)嘉措“謀反”事件，并奏稱六世達賴倉央嘉措不守清規(guī)，是假達賴，請予“廢立”�？滴醯蹨首啵瑳Q定將倉央嘉措解送北京予以廢黜�；鸸纺�(1706年)，倉央嘉措在押解途中，行至青海湖濱時去世，據(jù)《圣祖實錄》“拉藏送來假達賴喇嘛，行至西寧口外病故” ，時年24歲。

　　有的傳說，他是舍棄名位，決然遁去，周游蒙古、西藏、印度、尼泊爾等地，后來在阿拉善去世，終年64歲。